La Villa Carlotta trouve ses origines dans l'ascension de la famille Clerici, de ses origines rurales à des marchands de soie prospères au XVIe siècle grâce aux efforts de Giorgio Clerici. Ses fils ont ensuite contribué à la richesse et au statut de la famille, Pietro Antonio Clerici devenant marquis et Carlo devenant propriétaire de plusieurs palais à Milan et en Brianza. Le fils de Carlo, également nommé Giorgio Clerici, était également marquis, puis devint sénateur en 1684 et fut nommé président du Sénat en 1717. C'est lui qui décida d'établir un domaine rural sur des terres ancestrales au bord du lac à Tremezzo et sa première itération a été achevée en 1695. Son arrière-petit-fils Anton Giorgio Cerici a ensuite achevé la villa en 1745 mais est mort avec peu d'argent laissé au domaine, après avoir fait des investissements majeurs dans le Palazzo Clerici à Milan. Nous ne savons pas avec certitude qui était l'architecte de la villa.




